Die Geschichte des Dorfes Massenhausen ist weitgehend als die Geschichte des Massenhausener Adelsgeschlechtes zu schreiben. Dessen Ursprung blieb allerdings auch dem Ortschronisten Helmut Modlmayr bei seinen umfangreichen Recherchen dunkel. Ebenso die Frage, wie die Edlen zu ihren ausgedehnten Besitzungen kamen. Die Grundherrschaft erstreckte sich immerhin über Schloss Massenhausen, Schloss Täsingen (Dasing), über Gruppen von Höfen oder einzelne Liegenschaften in Fürholzen, Hörenzhausen, Weng, Eisenbach, Gesseltshausen, Gremertshausen, Gertlshausen, Ast, Jarzt, Nöbach, Hagenau, Allershausen, Leonhardsbuch, Thurnsberg, Schlips, Apercha, Unterbruck, Aiterbach, Neufahrn, Haindlfing, Ainhofen, Tötenried, Pippenried, Greißbach, Zell und Bergkirchen. Ferner gehörten Häuser in Freising und Landshut dazu.

887 bis 895 finden sich in alten Dokumenten erste Erwähnungen des Wohnsitzes Massinhuson. Ab Mitte des 12. Jahrhunderts mehren sich die Anzeichen dafür, dass der Edle Hruodperht, der Kleriker Willihalm und Wolfolt de Massinhusin als Ahnherren der späteren Burg- und Grundherren der Hofmark Massenhausen zu gelten haben. Näheres ist erstmals in der zweiten Hälfte des 13. Jahrhunderts über Arnold I. von Massenhausen bekannt. Tragische Umstände machten Arnold IV., aufgrund seiner entstellten Gesichtszüge "der Nasenlose" genannt, zum prominentesten Vertreter seines Geschlechtes. Er übernahm um 1300 die Herrschaft im Schloss, genoss großes Ansehen beim Hochstift Freising, war Berater der bayerischen Herzöge, Marschall in Ober- und Niederbayern, sowie Vertrauter des Kaisers Ludwig des Bayern. Arnold ließ seine Frau Elisabeth von Greifenberg auf dem Scheiterhaufen verbrennen, weil er eine Untreue vermutete. Mit reichen Zuwendungen an Klöster und Kirchen versuchte er sein Unrecht wieder gutzumachen. Beim Schleifen eines Schlosses starb Arnold IV. später selbst den Flammentod. Eine gute Dokumentation über die weitere Geschichte der Edlen zu Massenhausen findet sich in Modlmayrs genannter Chronik.

Wie die umliegenden Dörfer litt Massenhausen schwer unter den Folgen des 30-jährigen Krieges. Viele Bewohner waren getötet oder von Seuchen dahingerafft worden, die Häuser standen leer, auf den Feldern wucherten Dornenhecken und Unkraut. Der Leidenweg der Bauern setzte sich ähnlich in der Zeit des österreichischen Erbfolgekrieges fort. In der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts gelang es, durch die Regulierung von Moosach und Mauka gutes Acker- und Weideland zu gewinnen. Der Fürholzener Pfarrherr Joseph Grub erwarb sich dabei große Verdienste. Manchen Söldnern und Kleinbauern ging es fortan besser. Wer sich heute einen Eindruck vom ehemaligen Glanz der Massenhausener Schlossherren verschaffen möchte, der sollte einen Blick auf den reichen Kirchenschatz der gotischen Pfarrkirche zu "unserer lieben Frau" werfen. Die Ausstattung der Kirche ist auch ansonsten bemerkenswert. 

Die sorgfältige und aufschlussreiche "Chronik von Massenhausen" hat Helmut Modlmayr in den Jahren 1962 bis 1970 verfasst.