Ein erster Siedler namens Gueticho, so vermutet der Chronist Helmut Modlmayr, gab Giggenhausen (Guetichenhusen) seinen Namen. Eine ganze Anzahl von Höfen gehörte viel spärter dann, im hohen Mittelalter, der Edelfamilie Krebs und ihren Verwandten, den Edlen von Parsberg. Ein anderer Teil der Anwesen war im Besitz des Münchner Patriziergeschlechtes Dichtl. Wann und wie dieses im Dorf Fuß fasste, ist dunkel.

Giggenhausen war schon zu frühesten Zeiten Pfarrsitz. Erst 1390 wurde das Gotteshaus Filialkirche der Massenhausener Pfarrei. Das Dorf hatte wie all die umliegenden Orte schwer unter den verheerenden Folgen des 30-jährigen Krieges zu leiden. Lang ist die Liste derjenigen, die entweder getötet oder von der Pest dahingerafft wurden. Dem Diplomaten und Domherren Puech, der zugleich Pfarrherr in Massenhausen war, gelang es in den letzten Kriegsjahren, noch schlimmeres Unheil abzuwenden. Er erwirkte Schutzbriefe, einerseits vom schwedischen Feldherrn Wrangel, andererseits vom französischen Befehlshaber Turenne, für die Ortschaften um Freising. Der österreichische Erbfolgekrieg trieb Giggenhausen rund hundert Jahre später erneut in den Ruin. 1745 lagerten an die 22.000 Mann in den Dörfern von Daitenhausen bis Hohenbachern und im Gfild. Den Bauern blieb kaum mehr ein Stück Brot zum Essen. Zäune und alles was nicht niet- und nagelfest war wanderte ins Lagerfeuer. Ein Jahr später grassierte in der Gegend die Pferdeseuche. Und schließlich setzten Napoleons durchziehende Truppen den Dörfern in der Zeit um 1805 erneut hart zu. Auch in der Folgezeit kam Giggenhausen nicht zur Ruhe. Mehrfach wüteten Brände im Ort. Zahlreiche Gehöfte wurden in den Jahren 1839 bis 1857 ein Raub der Flammen. Dennoch gelang es dem gebeutelten Dorf 1837 eine eigene Schule einzurichten.

Bemerkenswert ist die Gründung der ersten Fischzucht durch den Münchner Apotheker Alfred Schillinger im Jahr 1888. Drei weitere Fischzuchten folgten in den Jahren 1917 (Fischereimeister Rötzer), 1925 (Johann Nadler) und 1964 (Rupert Riemensberger). Bemerkenswert ist auch ein Schicksalsschlag, der Giggenhausen 1895 traf: Ein Orkan, so vermerkt Helmut Modlmayr in seiner Chronik, fegte damals einen Teil des Kirchturmes um.

Helmut Modlmayr ist in seiner "Chronik von Giggenhausen" (1971) auch mit Sorgfalt der Geschichte der einzelnen Gehöfte am Ort nachgegangen und hat die Besitzverhältnisse dokumentiert